Всегда юзаю на одном винте одновременно и Винду и Линукс.
Расскажу как:
1) Сначала разметка. Сейчас использую Parted Magic 3.7 Live CD на чистом винте. Там всё визуально. Делаем главный раздел (для самой системы) - обычно хватает от 20 до 50 гб. Сюда будем ставить Винду. Затем делаем расширенный раздел. И на нем как минимум один для Винды (документы, картинки, проги - всё там будут храниться.) Затем раздел SWAP (его советуют делать размером с 2 оперативки, но мне хватает 2-3 Гига, так как винты у меня старые и небольшие. Затем 1 раздел для Линукса формата EXT3. (Я использую только такой формат, чтобы из Винды спокойно заходить в разделы с Линуксом как в обычные виндовские.)
Когда не был знаком с Parted Magic - сначала ставил Винду и потом разбивал винт с помощью Partion Magic 8.0.
2) После разбивки винта ставлю в 1-й раздел Винду. Затем в раздел для Линукса ставлю Линукс. Причём загрузчик Линукса - либо только в его собственный раздел, либо в первый раздел (mbr/) с подхватом загрузчика Винды.
Если загрузчик Линукса ставил в его собственный раздел - затем перегружаюсь в Винду и запускаю немецкий загрузчик Boot-US. Он сам подхватывает все разделы на винте, где есть загрузчики. (Я как-то так ставил на 1 винт 19 осей: Винда и остальные Линуксы. Все подхватывает сам автоматически. Ничего ручками писать не надо)
Использование загрузчика Boot-US позволяет не заморачиваться при переустановке Линукса или Винды. Он сам определяет все разделы, где есть загрузчики. Однако если разбивка винта прошла с ошибками (Это бывает при плохом форматировании и многократной переразбивке винта), то Boot-US может и не найти загрузчиков Линукса. В этом случае в mbr/ ставится загрузчик самого Линукса, а Boot-US используется, когда принято решение переустановить Линукс.
3) В Винде запускаю программу Ext2Fsd - она позволяет из Винды свободно заглядывать в разделы с Линуксом и даже писать в него. (Эту опцию можно указать при установке программы. Хотя на первый раз я бы не советовал) Даю новому разделу буквенное обозначение. А после перезагрузки с домашнего раздела Линукса вывожу ярлык в Винду (либо внизу на панель с программами, либо на Рабочий стол)
После этого из Винды можно копировать, а иногда запускать программы, расположенные в разделах с Линуксом (Я например, смотрю видео-файлы, так как не все Линуксы содержат сразу после установки нужные кодеки, не являющиеся "опен сорсом". Да и скачанное с Yuotube, например, тоже сначала попадает в разделы Линукса, так как в Интернете я только с него) Ну и вообще Линукс у меня служит для фильтра при просмотре новых дисков с программами (Сейчас нет, а ранее бывало, что на дисках к компьютерным журналам попадалась и вирусня.
)